O Instituto Superior de Direito Canónico é o herdeiro do Centro de Estudos de Direito Canónico (CEDC), criado pelo Conselho Superior da UCP em 1989, junto da Faculdade de Teologia.

Foi erigido canonicamente como Instituto ad instar facultatis pela Congregação da Educação Católica a 21 de Dezembro de 2004.

Foi seu primeiro Director o Prof. Doutor Manuel Saturino da Costa Gomes (2004-2011).

Sucedeu-lhe na direcção do Instituto o Prof. Doutor João Maria Félix da Costa Seabra (2011-2020).